Az akvakultúrában leginkább szemes vagy ezekből készült takarmányokat használnak, amely melegágya a gombás fertőzéseknek. A szerzők szerint az FDA, EC, EFSA és a Codex Alimentarius által jelenleg elfogadott, megengedett mikotoxinmennyiség haltápokban már komoly problémákat okozhat. Ezen felül számos tanulmány szerint a haltápok legtöbb esetben többszörösen szennyezettek (egyszerre többféle toxin van jelen, amelyek felerősítik egymás hatását). Sok vizsgálatot végeztek annak érdekében, hogy meghatározzák az egyes toxinok, különböző halakon, változó körülmények között milyen tüneteket okoznak. A toxikus hatás állatfajonként változó és függ a toxin típusától, mennyiségétől és a kitettség idejétől. Kimutatták, hogy alacsonyabb növekedést, gyengébb túlélési esélyt és immundepressziót okoznak. A haltápok mikotoxinszennyezése jelentős, ami komoly gazdasági károkat eredményezhet. Humán vonalon is jelentős veszélyt jelent, hiszen a mikotoxinok raktározódnak a halak izmaiban és májában egyaránt, kitéve ezzel a fogyasztókat is a szennyezettségnek. Éppen ezért a szerzők felhívják a figyelmet, hogy komolyabb előírásokra lenne szükség. Javasolnak egy maximálisan megengedett szintet, amely az egyes halfajok húsában szabályozná a mikotoxinok mennyiségét. Továbbá emlékeztetnek, hogy a toxinok csökkentésének első lépései a megfelelő tárolás és menedzsment. Végül megemlítik, hogy egyes takarmánykiegészítők használata az akvakultúrában nagymértékben képes csökkenteni a mikotoxinproblémákat.